Skolemælk leveres i en farverig, miljørigtig emballage. Hver mælk har - afhængig af mejeri - sin egen farve. Kapslerne fungerer som en farvekode for de forskellige varianter. På den måde er det lettere for både eleverne og skolens mælkeansvarlige.
Som emballage har Mejeriernes Skolemælksordning valgt at bruge pap, plastic eller en kombination af pap/plastic. Valget af emballage er sket ud fra miljø- og hygiejnemæssige overvejelser.
Der stilles høje krav til emballagens bakterieniveau, fordi mælk er et friskt produkt. Pap/plastic-emballager har et lavt bakterieniveau og er derfor mere velegnet til mælk end eksempelvis en genanvendelig glasflaske. Glasflasken kan dog udmærket bruges til for eksempel sodavand.
Skolemælkens emballage er desuden valgt ud fra miljømæssige hensyn. De tomme emballager bliver brændt efter brug. Det er en miljømæssig fordel at brænde de tomme emballager frem for at genanvende dem. Et retursystem for skolemælksemballager er langt mere belastende for miljøet på grund af de miljømæssige og økonomiske omkostninger til transport og rengøring.
Forbrændingen af emballagerne belaster i øvrigt ikke miljøet, da materialerne er pH-neutrale og uden giftstoffer. Efter forbrænding af emballagerne er der kun vand og kuldioxid tilbage.
Bemærk, at emballagetypen kan variere afhængig af leverandør.